作為處理有機廢水比較重要的一環厭氧消化主要包括三個階段。

第一階段（水解酸化階段）：就是指復雜的大分子、不溶性有機物先在細胞外酶的作用下水解為小分子、溶解性有機物，然后進入細胞內，分解產生揮發性有機酸、醇類等  

第二階段（產氫產乙酸階段）：就是指在產乙酸細菌的作用下，第一階段產生的各種有機酸被分解轉化成乙酸和H2；  

第三階段（產甲烷階段）：就是指產甲烷細菌將乙酸、乙酸鹽、CO2和H2等轉化為甲烷。

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